Para el cumplimiento de sus fines de represión el SID recurrió al asesinato, el secuestro, la extorsión y la apropiación y sustitución de identidad de niños y niñas. Una de las primeras acciones de las que se tiene registro fue el secuestro de Floreal García, Mirtha Hernández, María de los Ángeles Corbo, Daniel Brum y Graciela Estefanell en Buenos Aires. María de los Ángeles estaba embarazada. En el operativo también se llevaron al hijo de Floreal y Mirtha, Amaral García de 3 años. El niño quedó en Argentina donde lo entregaron a una pareja de agentes de la Secretaría de Inteligencia del Estado (SIDE) que le mintió sobre su origen e identidad y lo crió como hijo propio.
El grupo fue trasladado a Montevideo y torturado en el centro clandestino que el SID tenía en la casa de República de México 5515, en el barrio Punta Gorda, donde permanecieron hasta su asesinato el 20 de diciembre de 1974. Los cuerpos aparecieron al borde de un camino en la localidad de Soca.
Luego de la firma del acuerdo regional que dio nacimiento al Plan Cóndor en Valparaíso, Chile en 1975, el SID expandió sus acciones en el exterior. Desde fin de 1975 tuvo una Sección Especial llamada Condorop (Cóndor Operativo), que ese año estuvo bajo el mando del mayor José Nino Gavazzo. Militares uruguayos viajaban en forma periódica a Buenos Aires o estaban instalados allí, como el mayor Manuel Cordero y el capitán Ricardo Arab.
El SID fue responsable del secuestro y asesinato de los legisladores Zelmar Michelini y Héctor Gutiérrez Ruiz, de los ex militantes del MLN Rosario Barredo y William Withelaw y del militante del Partido Comunista Manuel Liberoff en mayo de 1976. Ese año también comenzó la represión a gran escala contra el PVP en Argentina y Uruguay. Unos cuarenta militantes de esa organización política fueron secuestrados en acciones coordinadas y simultáneas en junio y julio y luego en setiembre y octubre. Interrogados y torturados en el centro clandestino de detención “Automotores Orletti”, la mayoría de los secuestrados fueron trasladados en forma clandestina a Montevideo donde más de la mitad fueron asesinados y continúan desaparecidos.
El SID también propuso acciones de mayor riesgo como la de viajar a Estados Unidos para asesinar al congresista demócrata Edward Koch, promotor de la enmienda que suspendió la ayuda militar a la dictadura. El plan fracasó porque el gobierno del presidente James Carter declaró persona no grata al entonces subdirector del SID coronel José A. Fons y al mayor José Nino Gavazzo, a quienes la dictadura pretendía acreditar como diplomáticos en Washington.
El organismo apoyó operaciones represivas de la dictadura argentina en territorio uruguayo, en particular las que realizó el Grupo de Tareas 33.2 de la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA) con el objetivo de secuestrar a militantes de la Organización Peronista Montoneros que estaban en el país.
El 16 de diciembre de 1977 el SID invadió la casa del balneario Lagomar donde vivía Rosario Quiroga con sus tres pequeñas hijas y con Alejandrina Barry, hija de los militantes montoneros Susana Mata y Alejandro Barry. En el curso de los operativos murieron Mata y Barry, cinco personas fueron trasladadas en forma clandestina a la ESMA y cuatro fueron procesadas por la justicia militar uruguaya y cumplieron la condena en los penales de Libertad y de Punta de Rieles.