El SID fue creado por decreto el 23 de febrero de 1965 para asesorar al Ministro de Defensa Nacional en temas de “información y contrainformación”. Dependía de la Junta de Comandantes en Jefe y su director era un oficial superior.
La investigación “SID Una máquina casi perfecta” (UDELAR:2018) sostiene que antes del golpe de Estado, el organismo se especializó en las estrategias para combatir a las organizaciones guerrilleras, y luego se enfocó en las organizaciones sindicales, políticas, sociales y religiosas que la Doctrina de la Seguridad Nacional consideraba enemigos potenciales o declarados.
Su primera sede estuvo en la casa de Bulevar Artigas 1488 (hoy 1532) donde ahora funciona la Institución Nacional de Derechos Humanos y Defensoría del Pueblo. Luego se mudó a un local en la intersección de las calles Luis Alberto de Herrera y Monte Caseros. El coronel Ramón Trabal estuvo al frente del organismo desde su creación hasta principios de 1974. Luego de su asesinato en París, lo sucedió el general Luis Vicente Queirolo en forma interina. Los siguientes directores fueron el coronel Calixto de Armas (1974-1975), el general Amauri Prantl (1975-1978), el general Manuel J. Núñez (1978) y el general Iván S. Paulós (1978-1981).
Según consta en su primer Reglamento Interno, aprobado por el decreto 24.824 del 13 de febrero de 1968, el organismo tenía cuatro Departamentos. El 22 de junio de 1971 un nuevo Reglamento amplió a seis los Departamentos: I Interior, II Exterior, III Operaciones, Planes y Enlace, IV Apoyo, V Apoyo Técnico y VI Operaciones Psicológicas.
Con la consolidación de la dictadura y la ampliación del concepto de enemigo interno, la vigilancia, el control y la represión se extendió a toda la sociedad y a todos los ámbitos del Estado. El SID nombró “oficiales de enlace” que actuaban en las empresas públicas y los Ministerios. El organismo hacía escuchas telefónicas, disponía seguimientos, recolectaba y trataba información con fines represivos. Esta función fue clave para la política de “limpieza” del Estado. El acto institucional número 7 aprobado en 1977 estableció que las personas que no pudieran probar su adhesión al régimen quedarían fuera de la administración estatal. El decreto reglamentario del acto institucional asignó al SID la responsabilidad de suministrar la información para expedir o negar la Constancia de Habilitación para Cargos Públicos.
Además de las funciones de información y contrainformación, el SID tuvo un papel activo en la preparación y ejecución de operativos de represión en territorio nacional y fuera de fronteras. En el país llevó adelante acciones contra el MLN Tupamaros, el Partido por la Victoria del Pueblo (PVP) y el Partido Comunista.