En abril de 2003 el fiscal Enrique Moller pidió que se archivara la denuncia presentada por Juan Gelman por el secuestro de su nuera María Claudia García y el robo y la apropiación de su nieta Macarena Gelman. En noviembre de ese año el Poder Ejecutivo envió un mensaje a la Suprema Corte de Justicia (SCJ) fundamentando por qué el caso estaba comprendido en el artículo 1 de la Ley de Caducidad. El representante de la familia, el abogado José Luis González interpuso un recurso de revocación contra el mensaje presidencial pero el juez Gustavo Mirabal ordenó la clausura del expediente.
El cambio de gobierno en 2005 significó un cambio de posición del Poder Ejecutivo. En junio de 2005 el Poder Ejecutivo informó al presidente de la SCJ que el caso no estaba comprendido en la Ley de Caducidad. Poco después, el Juzgado Letrado de Primera Instancia en lo Penal de 2º Turno dispuso el cierre de fronteras para Ricardo Medina, Manuel Cordero, José Nino Gavazzo, José Ricardo Arab, Juan Antonio Rodríguez Buratti, Jorge Silveira, Gilberto Vázquez y Ernesto Ramas.
En agosto de 2005 Moller insistió en que se dejara sin efecto la reapertura de la causa. Mirabal desestimó su pedido y decidió continuar con la investigación. Empeñado en conseguir la impunidad, Moller volvió a recurrir su decisión. Finalmente, en octubre de 2005, el Tribunal de Apelaciones en lo Penal de 2º Turno se sumó a sus argumentos y resolvió por unanimidad que se archivara la causa.
En abril del año siguiente Gonzalo Aguirre presentó un escrito firmado por los presidentes del Círculo Militar y del Centro Militar, interponiendo un recurso de nulidad sobre los actos administrativos a través de los que el presidente de la República en ese momento, Tabaré Vázquez, había comunicado a la SCJ que la desaparición de María Claudia García y los asesinatos de Zelmar Michelini y Gutiérrez Ruiz quedaban excluidos de la Ley de Caducidad.
El 5 de mayo de 2006 Juan y Macarena Gelman llevaron el caso ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos. Cuatro años más tarde el Centro por la Justicia y el Derecho Internacional (CEJIL) demandó a Uruguay ante la Corte Interamericana de Derechos Humanos (Corte IDH) por mantener la Ley de Caducidad e impedir investigar la desaparición de María Claudia García. El 24 de febrero de 2011 la Corte IDH falló contra el Estado uruguayo en el caso “Gelman vs. Uruguay”. La sentencia ha sido clave en la lucha contra la impunidad: establece que el Estado no puede ampararse en la Ley de Caducidad para no investigar porque dicha ley no tiene valor para el derecho internacional, que está obligado a castigar a los responsables y a tomar medidas que garanticen la no repetición. También obliga al Estado a tener una política penal de investigación acorde a la naturaleza de los crímenes, lo que derivó en la creación de la Fiscalía Especializada en delitos de lesa humanidad. Además la sentencia incorpora la perspectiva de género en la definición del crimen cometido contra María Claudia como una forma particularmente cruel de violencia contra la mujer basada en su género.